魔仙堡是一个神奇的魔法世界，由魔仙女王统领，只有魔仙才能学习魔法，而且要懂得运用所学魔法来帮助别人。心术不正的黑魔仙小月竟偷练黑魔法，夺去魔仙彩石，欲夺取最高魔法的秘密，躲到人类世界。守护彩石的魔仙小蓝，为了将功赎罪，奉命追寻魔仙彩石，因而来到人类世界。小蓝就藏身于八音盒内，被凌美琪、凌美雪带回家中成为凌家的保姆，与美琪、美雪结下一段珍贵的友情。在魔仙女王的首肯下，小蓝教会美琪、美雪魔法，让她们成为小魔仙，正面地用魔法帮助他人及协助寻找魔仙彩石。

波卡波卡是有魔法兽的世界，喜欢与魔法兽为伴的公主“凯美莉”拥有与魔法兽沟通的力量。然而一天，三只魔法兽突然失控逃走了。为了找回魔法兽，凯美莉来到了人类世界。在人类世界，美琪美雪疯狂迷上了SNH48，令小蓝头疼不已。一次偶然，她们与十分相像SNH48某位成员的凯美莉相遇了。在小魔仙们的帮助下，凯美莉成功收回了两只魔法兽。可第三只魔法兽，居然在SNH48的演唱会上捣起乱来。幸亏，凯美莉在小蓝、美琪、美雪的帮助下，击退了那头魔法兽，救回SNH48的几位成员，更成功阻止了神秘的幕后黑手布局的阴谋。

主要讲述的是主角是名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马“好友”七濑美雪、警察“朋友”剑持勇警部、“对手”明智健悟警视等伙伴，运用高超的推理能力，解决遭遇到的各种困难案件。

《金田一少年事件簿3》改编自著名同名漫画系列，是其真人系列剧的第三部。在旅行的列车上，青梅竹马美雪再次邂逅了金田一，并决定追随于他。金田一的祖父是大名鼎鼎的名侦探金田一耕助，而他本身是一位天才高中生侦探，用超过IQ180的头脑解开了各种充满难解之谜的杀人事件。平时是个充满热情的高中男生，事件发生后，会与青梅竹马七濑美雪、警视厅搜查一课的剑持警察一起，对难解事件追查探案。本片包括以下6个事件，分别为幽灵客船杀人事件、法兰西银币杀人事件、黑死蝶杀人事件、速水玲香诱拐杀人事件、魔术的森杀人事件和露西亚人形杀人事