白墨桃梦见神秘男子，惊醒后头发骤然变长。剪掉头发后她参加学校组织的雷封塔活动，在中途因误会被同学排斥，遇到生物老师林渊替其解围。路上听完老师讲解与蛇相关的神话产生疑惑，后接受了同学岸安的占卜，进入雷封塔内偶遇尹苍冬，并在塔中展览馆碰见蛇木雕变成活物，被迫与木雕蛇对话。

故事发生在大正25年。帝都东京。正当华族出生的久世鸫为守护没落家族决意联姻时，弟弟久世鹟却被卷入被称作“稀有之物”、会对读者产生巨大影响的书所引起的事件之中。鸫以此为契机，能够看见被称为“灵韵”的、稀有之物所散发出的寄居者的情感，此时，“帝国图书情报资产管理局”（通称“鸱鸺”）的人出现在困惑的鸫面前。他们是保护·管理“稀有之物”的组织，并委托鸫协助调查“稀有之物”。鸫虽然犹豫，却还是决定参与“鸱鸺”，展开对“稀有之物”的调查活动，这是一部讲述一位命运如天秤般摇摆不定的少女的故事。