幻影忍者们在数码世界中遭遇重大危机，赞正面临着失去记忆，再也不能醒来的危险！忍者们为了救回赞，而进入了赞大脑中的数码世界，试图解开忍者之谜，在那里电子黑暗之王正利用忍者们的记忆攻击他们。幻影忍者们能否在共同的记忆中找到办法战胜电子黑暗之主，从而拯救赞呢？

时光在流逝，幻影忍者们仍在找寻幻影忍者之师-吴大师。与此同时，一个邪恶的摩托车帮派-加满都之子正在崛起。他们正不计一切代价地找寻三个神秘的鬼怪面具。摩托车帮派突袭了皇家宫殿，幻影忍者们正前往保护晴美公主，他们需要发现摩托车帮派的幕后主使，以及他们找寻鬼怪面具的真正原因。原来当三个鬼怪面具集合在一起之后，加满都之子们就能唤醒让人不战而栗的暗黑大魔王-加满都！